Berdasarkan Peraturan MWA Nomor 4 tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kelola UGM, Komite Audit bertugas:
- menunjuk auditor eksternal yang akan mengaudit UGM dalam kaitannya dengan audit eksternal;
- menetapkan kebijakan audit internal;
- mempelajari dan mengevaluasi hasil audit internal dan eksternal;
- mempelajari, menganalisis, dan mengevaluasi penggunaan kekayaan UGM;
- melakukan analisis manajemen risiko sebagai bahan pertimbangan bagi MWA dalam memberikan persetujuan atau ratifikasi terhadap perjanjian yang menyangkut pemanfaatan kekayaan UGM; dan
- mengambil kesimpulan dan mengajukan saran kepada MWA.