Kepengurusan MWA memiliki periode waktu tertentu dengan persyaratan dan tata cara pemilihan anggota MWA yang tertera dalam Peraturan MWA UGM Nomor 2 tahun 2021. Dalam pasal 16, status keanggotaan MWA berakhir pada saat periode kerja MWA berakhir. Selain itu keanggotaan MWA dapat berakhir karena:
- telah menjadi Profesor bagi anggota yang mewakili Dosen bukan Guru Besar;
- telah pensiun bagi anggota yang mewakili Dosen dan Tenaga Kependidikan;
- telah selesai masa studinya, atau tidak aktif studi, atau telah ditarik kembali oleh organisasi kemahasiswaan bagi anggota yang mewakili Mahasiswa;
- mengundurkan diri;
- meninggal dunia;
- berhalangan tetap; dan
- tidak mampu melaksanakan tugas karena kesehatannya berdasarkan surat keterangan dokter; dan/atau
- tidak lagi memenuhi persyaratan sebagai anggota MWA sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 ayat (1).
Apabila terjadi kekosongan anggota MWA yang mewakili setiap unsur, maka dilakukan pergantian antar waktu (PAW) sesuai dengan ketentuan dalam pasal 8 sampai dengan pasal 14. Anggota MWA PAW melanjutkan sisa masa jabatan anggota MWA yang digantikannya (pasal 17).
Pemilihan anggota antar waktu MWA dilakukan oleh Senat Akademik.
